少精症目前发病机制尚不明确，可能与疾病因素、内分泌因素、医源性因素、环境因素、免疫因素、染色体异常以及营养缺乏有关。

　　1、疾病因素：出现各种生殖器疾病后均会引发少精症，比如出现睾丸炎、附睾炎、精囊炎、前列腺炎、尿道球腺炎等疾病后都可能会导致少精症产生，炎症会影响到精子生成，同时还会导致输精管道梗阻，因此会诱发疾病。若出现精索静脉曲张，也可能会导致睾丸功能受损，出现少精症等症状。

　　2、内分泌因素：若下丘脑-垂体-卵巢轴的功能不正常，可以影响睾丸生精。

　　3、医源性因素：长期服用大量药物，比如注射糖皮质激素类药物、雄性激素或同化类固醇激素，都可能会影响下丘脑-垂体-睾丸的正常功能，导致睾丸损伤出现少精症等症状，若经常进行放疗、化疗或各种手术也会诱发疾病，影响男性的生育。

　　4、环境因素：若长期处在高热暴露的环境中，也可能会导致少精症出现，同时若男性接触环境污染物，比如受到辐射、接触重金属物质或其他化学药品，都可能会导致疾病。

　　5、免疫因素：若自身身体抵抗力较差，出现自身免疫障碍，可能会导致少精症产生。

　　6、染色体异常：少精症的出现还跟染色体异常有一定的关系，若y染色体缺失或染色体结构异常，可能会对精液质量产生影响。

　　7、营养缺乏：营养物质摄入不足可以导致神经障碍，如蛋白质、维生素等摄入不足。